答：商业汇票只是发包人支付工程款的一种方式。一般情况下，承包人接受发包人开出商票并到期兑付的，或者已将商票背书转让的，应视为发包人已付工程款。承包人持有的商票到期未能兑付或出票人拒绝兑付的，除因承包人未按照提示付款期限提示付款等其自身过错被拒绝兑付外，发包人的付款行为并未实际完成，仍应承担相应数额的付款责任。因此，承包人有权将未兑付商票金额计入欠付工程款中一并起诉，也有权按照票据纠纷另行主张权利。基于诉讼便利原则和诉讼权利处分原则，在承包人已经起诉的情况下，可将未兑付商票金额计入欠付工程款中一并处理，同时应当判令承包人退还商票，不应再告知当事人依票据纠纷另行主张权利。